La historia se divide en dos partes: "Naruto" y "Naruto Shippuden".
Naruto: En un mundo de ninjas con continuas guerras entre las aldeas, la aldea de Konoha es atacada por un monstruo, el Kyubi o Zorro de Nueve Colas. Su actual líder, el Cuarto Hokage, da su vida para sellar al monstruo en el interior de un recién nacido, siendo ese bebé el protagonista de la historia, Naruto. Desde ese día Naruto, huérfano debido al ataque del Kyubi, fue odiado por toda la aldea debido al monstruo que albergaba en su interior, y debido a que tenían prohibido hablar del tema, Naruto no sabía el porqué. Con el paso de los años Naruto se gradúa en la academia ninja y empieza misiones junto a su equipo compuesto por su compañera Sakura, su rival Sasuke y su profesor Kakashi, misiones en las cuales tendrán que hacer cara a Orochimaru, uno de los tres grandes Sanin y renegado de la aldea de Konoha.
Naruto Shippuden: Aquí Naruto, el cual ya ha crecido y es un adolescente, ha pasado tres años entrenando junto a su maestro Jiraiya. Naruto tendrá que enfrentarse a una organización llamada Akatsuki que busca hacerse con todos los monstruos con cola, uno de los cuales Naruto lleva dentro. Al mismo tiempo intentará encontrar a Sasuke, su compañero y rival que lleva desaparecido junto con Orochimaru desde hace tres años, para convencerle de que vuelva a la aldea.